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Em 1989, a Comissão Europeia decidiu criar um programa de iniciativa comunitária de cooperação transeuropeia, denominado INTERREG. Esse programa seria financiado pelos Fundos Estruturais europeus, designadamente pelo FEDER. Desde esse momento, quatro gerações de programas INTERREG se sucederam, tendo sempre como objectivo principal de actuação garantir que as fronteiras nacionais não constituam um obstáculo ao desenvolvimento equilibrado e à integração do território europeu. Na verdade, a realidade das zonas fronteiriças revela uma dupla problemática: por um lado, a presença de fronteiras separa as comunidades fronteiriças ao nível económico, social e cultural, e, por outro lado, as políticas nacionais frequentemente negligenciam as zonas fronteiriças, contribuindo para que as respectivas economias tendam a tornar-se periféricas dentro da própria realidade nacional.
Os apoios financeiros da iniciativa INTERREG têm sido consagrados essencialmente à promoção de respostas comuns às ditas problemáticas, nos domínios do desenvolvimento de PMEs, da educação, formação e intercâmbios culturais, dos problemas de saúde nas zonas fronteiriças, da protecção e melhoria do ambiente, da investigação e do desenvolvimento tecnológico, das redes energéticas e dos transportes e telecomunicações.
No período de programação dos Fundos Estruturais, de 2007 a 2013, a iniciativa comunitária INTERREG foi substituída pelos programas operacionais do objectivo "Cooperação Territorial Europeia”, que eram parte integrante do Quadro de Referência Estratégico Nacional (QREN) de cada Estado-Membro. Esta foi uma abordagem inovadora, uma vez que os programas de cooperação transeuropeia deixaram assim de ser iniciativas comunitárias, cuja governação ocorria externamente aos Quadros Comunitários de Apoio, para passarem a ser programas operacionais com regras uniformes às demais intervenções dos Fundos Estruturais.
O objectivo "Cooperação Territorial Europeia” passou a ser definido nos presentes regulamentos comunitários sobre os Fundos Estruturais, e no seguimento do que anteriormente sucedia com INTERREG, como um instrumento de intervenção chave para a prossecução dos objectivos da política de coesão e para o processo de integração europeia, destinando-se a reforçar, em articulação com as prioridades da União Europeia, as intervenções conjuntas dos Estados-Membros em acções de desenvolvimento territorial integrado. Os vários territórios considerados para a actuação do objectivo "Cooperação Territorial Europeia” são constituídos por zonas de fronteira mas também por macro-regiões, que beneficiam, através da cooperação de carácter material ou imaterial, de acções visando a integração e a coesão económica e social em domínios de importância estratégica.
No período 2007-2013, o QREN para Portugal incluiu os seguintes programas operacionais de cooperação territorial europeia: o programa transfronteiriço "Portugal-Espanha”, cuja elegibilidade geográfica portuguesa corresponde às regiões localizadas ao longo da fronteira com Espanha; o programa transfronteiriço ”Bacia do Mediterrâneo”, que tem elegibilidade territorial correspondente ao Algarve e viabiliza projectos de cooperação com Marrocos; o programa "Espaço Atlântico”, cuja abrangência territorial inclui todo o território continental de Portugal, as regiões da costa atlântica de Espanha, do Reino Unido e da França e a totalidade do território da Irlanda; o programa "Sudoeste Europeu”,que inclui todo o território continental de Portugal e de Espanha e as regiões dos Pirinéus franceses; o programa "Mediterrâneo”, integrando como regiões elegíveis portuguesas o Alentejo e o Algarve e, ainda, as regiões da costa mediterrânica de Espanha e da França, bem como a totalidade do território de Itália, da Grécia, de Chipre, de Malta e da Eslovénia; e o programa"Madeira-Açores-Canárias”,que cobre o território destes arquipélagos.
Actualmente, no quadro da política de cooperação territorial europeia, a dotação orçamental prevista ascende a 10.2 mil milhões de euros. Os dois principais objectivos apontados para 2014/2020 são a promoção do crescimento e do emprego e a adopção e adaptação de regulamentação que respeite as especificidades das cooperações regionais diferentes num espaço de 28 Estados.