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São medidas que se destinam a apoiar o desenvolvimento sustentável das zonas rurais, indo além dos requisitos impostos pelas Condicionalidades. São assim concedidos apoios aos agricultores que superem as boas práticas agrícolas e ambientais, adoptando formas de exploração dos terrenos agrícolas que respeitem a protecção do ambiente, da paisagem rural, dos recursos naturais, dos solos e da diversidade genética.
A produção integrada, a Agricultura Biológica, a gestão florestal sustentável, a conservação de raças autóctones ameaçadas de extinção, a conservação da paisagem rural e a conservação da paisagem e biodiversidade em Rede Natura 2000 são alguns exemplos de Medidas Agro-Ambientais.
Os apoios aos agricultores são calculados com base na perda de rendimento e nas despesas adicionais resultantes da aplicação destas medidas, incentivando-os assim a respeitar o meio ambiente.