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Na sequência das conclusões de Tampere, foi oficialmente criada em 28 de fevereiro de 2002 uma unidade, com sede em Haia (Países Baixos), que visa coordenar as actividades das autoridades nacionais responsáveis pelos procedimentos penais, com o objectivo de melhorar a cooperação judiciária e lutar eficazmente contra diversas formas graves de criminalidade.
Foi instituída enquanto órgão da União dotada de personalidade jurídica e é composta por 28 membros nacionais, permanentes. Cabe a cada Estado-Membro nomear um membro nacional da Eurojust, segundo o seu sistema jurídico nacional, que deve ser procurador, juiz ou oficial de polícia com prerrogativas equivalentes. A Eurojust pode desempenhar as suas funções tanto por intermédio de um ou vários membros nacionais, como colegialmente.
É competente no que diz respeito às investigações e aos procedimentos penais (que envolvam pelo menos dois Estados-Membros) relativos à criminalidade grave de forma a promover a coordenação entre as autoridades competentes dos vários Estados-Membros e facilitar a aplicação do auxílio judiciário mútuo internacional e a execução de mandados de detenção europeus.
O papel da Eurojust tem vindo a crescer, bem como a sua participação ao nível operacional e o seu envolvimento ao nível da cooperação judiciária europeia, pelo que foi necessário reforçar os seus poderes e alargar o seu mandato através de uma nova Decisão, publicada em 4 de junho de 2009.
A Eurojust reforça a eficácia das investigações e procedimentos penais nacionais ao lidar com formas graves de criminalidade transnacional e organizada (a sua competência cobre designadamente os tipos de criminalidade e as infracções relativamente aos quais a Europol tem competência), nomeadamente o terrorismo, o tráfico de seres humanos, o tráfico de droga e armas, a exploração sexual de crianças e pornografia infantil, fraude, corrupção e branqueamento de capitais, criminalidade informática, de forma a levar os criminosos a tribunal de forma mais rápida e eficaz.
Tem poderes para solicitar o início de uma investigação, ou a instauração de um procedimento penal, com factos precisos, às autoridades nacionais competentes, ou que criem uma equipa de investigação conjunta, ou que lhe forneçam as informações necessárias (registos criminais, de pessoas detidas, de investigação de ADN, ou quaisquer outros registos que considerem conter informações necessárias para o exercício das suas funções). Também coopera com a Rede Judiciária Europeia, a Europol, a Frontex e o OLAF.
As actividades da Eurojust são controladas por um órgão de supervisão, com carácter independente, a fim de assegurar que os dados de carácter pessoal sejam tratados de acordo com as regras de protecção de dados.
Portugal teve um presidente do Eurojust (2007-2010), o Procurador Lopes da Mota que veio a demitir-se na sequência de alegadas pressões exercidas sobre colegas que investigavam o caso Freeport.