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Os OGM são organismos cujo material genético (ADN) foi modificado pela introdução de um gene modificado ou de um gene pertencente a uma outra variedade ou espécie. A União Europeia tem procurado, desde 1998, estabelecer um equilíbrio entre liberdade de investigação, reforço da competitividade internacional do sector da biotecnologia europeu e protecção da biodiversidade e da saúde pública. A legislação comunitária, em articulação com as regras internacionais sobre biodiversidade estabelecidas no Protocolo de Cartagena, incide sobre a utilização, a disseminação, a comercialização e a rastreabilidade dos OGM, nos produtos destinados à alimentação humana e animal. De 1998 a 2004, vigorou na União Europeia uma moratória sobre a autorização de colocação, no mercado, de produtos contendo OGM.Esta moratória foi revogada quando a Comissão Europeia, em 2004, passou a autorizar a colocação no mercado de determinados alimentos OGM, ou alimentos contendo OGM, bem como a comercialização e a cultura de sementes OGM, desde que cumprissem os seguintes requisitos: em primeiro lugar, os OGM seriam previamente submetidos a um processo de avaliação muito rigoroso; em segundo lugar, a sua colocação no mercado teria de respeitar as normas em matéria de rotulagem e de rastreabilidade dos produtos.
O laboratório de referência para a avaliação dos OGM é o Centro Comum de Investigação da Comissão (CCI). Coordena a rede europeia de laboratórios de referência para os OGM, e trabalha na detecção, identificação e quantificação dos OGM presentes nos produtos alimentares. A Autoridade Europeia para a Segurança dos Alimentos (AESA) formula igualmente pareceres científicos sobre os OGM.
Apesar da legislação e dos procedimentos adoptados pela União Europeia, esta matéria ainda envolve uma elevada controvérsia entre cientistas, agricultores, ONG. Sendo que os Estados-membros também têm assumido visões divergentes quanto à aplicação nacional da legislação e das deliberações comunitárias.