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Os pagamentos diretos foram introduzidos pela primeira vez com a reforma da PAC de 1992. Tendo reduzido o nível de apoio ao preço, para impedir uma correspondente queda dos rendimentos dos agricultores, esta reforma introduziu os Pagamentos Diretos, para compensar os agricultores europeus pelos preços mais baixos que recebiam pelos seus produtos no mercado.
No âmbito da reforma de 2003 da PAC, a UE voltou a reduzir o apoio ao preço com vista a contornar pressões de alguns parceiros comerciais e a obter um melhor funcionamento dos seus mercados agrícolas, desviando os apoios para o sistema de Pagamentos Diretos.
Antes da reforma de 2003, estes pagamentos eram estabelecidos por cabeça de gado ou por hectare cultivado, mas atualmente estão, em geral, dissociados da produção e reunidos no Regime de Pagamento Único, em função do histórico.
Na reforma de 2014 da PAC, ficou definida uma forma mais equitativa de distribuicão dos pagamentos diretos. Assim, os pagamentos diretos às grandes explorações foram reduzidos em pelo menos 5% para os montantes de pagamentos diretos superiores a 150 mil euros por ano. Também ficou definido o conceito de Ecologização. Assim, 30% dos pagamentos diretos só serão concedidos aos agricultores se estes respeitarem práticas agrícolas que sejam benéficas para o clima e o ambiente. A inobservância das condições de ecologização dará origem a sanções. Outra das condicões para ter acesso aos pagamentos diretos, passa pelo conceito de "agricultor ativo”. Apenas estes receberão financiamento. As novas regras clarificam que os latifundiários sem verdadeira atividade agrícola e as empresas com grandes superfícies de prados (como os aeroportos) não poderão solicitar pagamentos por exploração.
Maior flexibilidade para os Estados-Membros na utilização das suas dotações nacionais: todos os Estados-Membros poderão movimentar até 15% dos seus fundos entre os dois pilares da PAC. Os Estados-Membros cujas dotações de pagamentos diretos sejam inferiores à média da UE podem mesmo transferir até 25% da sua dotação do segundo pilar para o primeiro pilar.
Por último, a todos os pagamentos diretos pagos aos agricultores europeus, é aplicada uma percentagem anual com vista à sua reducão, como contribuição para a "reserva de crise”, criada pela Comissão Europeia, de modo a constituir-se como um excedente orçamental, com o objetivo de desenvolver medidas que possam mitigar os efeitos de crises severas no sector. No caso de não ser ativada esta reserva, por parte da Comissão Europeia, os valores retidos, são devolvidos aos agricultores no final do ano a que respeitam.