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Os parlamentos nacionais assumiram, nos últimos anos, um protagonismo crescente no processo de construção europeia, sobretudo após a entrada em vigor do Tratado de Maastricht e mais recentemente, pelo Tratado de Lisboa.
As competências das instituições europeias foram, com o Tratado de Maastricht, alargadas a domínios que até então eram de estrita competência nacional, como é o caso das temáticas que referem à Justiça e Assuntos Internos. Tornou-se, ademais, imperioso disponibilizar aos parlamentos nacionais uma melhor e mais célere informação, a fim de potenciar a sua participação no processo de decisão comunitária, e exercer um melhor controlo dos representantes do seu país no Conselho (os respectivos Governos).
Na versão revista pelo Tratado de Amesterdão, o Protocolo passou a contemplar matérias referentes aos "livros brancos” e aos "livros verdes”, às "comunicações” e às "propostas legislativas”, documentos passíveis de envio obrigatório aos deputados dos parlamentos nacionais. O Protocolo, revisto pelo Tratado de Amesterdão, reconheceu ainda, formalmente, a COSAC.
Com a vigência do Tratado de Lisboa, os Parlamentos Nacionais ganharam poderes acrescidos, designadamente na supervisão do princípio da subsidiariedade, igualmente consagrada em Protocolo anexo.
Os Parlamentos Nacionais exercem o controlo da aplicação do princípio da subsidiariedade, sendo as propostas da Comissão remetidas directamente aos Parlamentos Nacionais. Os Parlamentos Nacionais podem emitir um parecer fundamentado, caso considerem que o princípio de subsidiariedade não foi respeitado, num mecanismo de "alerta precoce”.
Neste sistema de alerta, cada parlamento nacional dispõe de dois votos, repartidos por uma ou duas câmaras, de acordo com o sistema parlamentar nacional. No caso da inobservância do princípio da subsidiariedade num projecto de acto legislativo ser assinalada por um terço do total dos votos atribuídos aos Parlamentos, o projecto deve ser reanalisado. Caso esteja em causa um projecto de acto legislativo apresentado com base no artigo 61.º n.°1 do TFUE, relativo ao Espaço de Liberdade, Segurança e Justiça, o dever de reanálise é atingido quando um quarto dos votos dos parlamentos nacionais indicar a inobservância do princípio da subsidiariedade.
No âmbito do processo legislativo ordinário (co-decisão), se uma maioria simples dos Parlamentos Nacionais se opuser, a Comissão Europeia é obrigada a revê-lo. Caso mantenha a proposta inalterada, o Parecer fundamentado da Comissão e os pareceres dos Parlamentos Nacionais são remetidos ao legislador (Conselho e Parlamento Europeu) para consideração. Se o Conselho, por maioria de 55%, ou o Parlamento Europeu, por maioria simples, considerarem que a proposta não respeita o princípio da subsidiariedade, esta será retirada.
Os Parlamentos Nacionais podem ainda interpor recurso, através dos Estados-Membros, perante o Tribunal de Justiça da União Europeia, com fundamento na violação do princípio da subsidiariedade.
Os Parlamentos Nacionais acompanham as políticas da União no Espaço Liberdade, Segurança e Justiça, não só em termos de subsidiariedade, mas na própria avaliação das políticas, designadamente no que refere à possibilidade de emissão de Parecer em matéria de Direito da Família com incidência transfronteiriça, participação nas modalidades de controlo das actividades da Eurojust e Europol, e no acesso à informação sobre os trabalhos do Comité Permanente que assegura a promoção e o reforço da cooperação operacional em matéria de segurança interna.
Os Parlamentos Nacionais participam ainda na Revisão Ordinária dos Tratados, com assento na Convenção e nos processos de revisão simplificados, onde podem mesmo impedir a adopção de actos que carecem de unanimidade para a sua adopção. Os Parlamento Nacionais são ainda informados sobre os novos pedidos de adesão à União Europeia.
A participação da Assembleia da República no processo de construção Europeia foi originalmente definida pela Lei n.º 20/94, de 15 de junho, sob a epígrafe "Acompanhamento e apreciação pela Assembleia da República da participação de Portugal no processo de construção da União Europeia”.
Decorrida mais de uma década sobre a entrada em vigor da referida Lei, os deputados entenderam aperfeiçoar o mecanismo de transmissão de informação entre o Governo e a Assembleia da República e a aposta na selecção por parte da Comissão de Assuntos Europeus das matérias que sejam mais relevantes para Portugal, tendo em vista alcançar um acompanhamento efectivo.
A Lei foi ainda actualizada para cabimentar o previsível reforço do papel atribuído aos Parlamentos Nacionais por um novo Tratado, designadamente no controlo da aplicação do princípio da subsidiariedade.
A nova Lei n.º 43/2006 – Acompanhamento, apreciação e pronúncia pela Assembleia da República no âmbito do processo de construção da União Europeia –, de 25 de agosto determina a realização de:
• Um debate semestral em Plenário com o Governo, após o último Conselho Europeu, com balanço da Presidência cessante e Perspectivas para a Presidência seguinte;
• Um debate anual em Plenário com o Governo, para discussão e aprovação do Relatório da Comissão de Assuntos Europeus (CAE) e das Comissões sobre o Relatório do Governo sobre a participação de Portugal na União Europeia;
• Reuniões entre a CAE e o Governo nas semanas anterior e posterior à realização do Conselho Europeu;
• Reuniões entre a CAE, a Comissão Especializada em razão da matéria e o membro do Governo competente, na semana anterior ou posterior à realização dos Conselhos sectoriais;
• Audições prévias à selecção, nomeação ou designação, pelo Governo, de personalidades para cargos de natureza jurisdicional ou não jurisdicional da UE.
Esta legislação foi, posteriormente, alterada pela Lei n.°21/2012, de 17 de maio que aprofundou o papel do Parlamento, de acordo com as disposições do Tratado de Lisboa.