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Assim que é nomeada, a Comissão Europeia é convidada a apresentar ao Parlamento o seu "Programa Político e Legislativo” que traduz um esboço de programação plurianual.
O Parlamento participa no debate e projeta as suas prioridades uma vez que se procura o maior consenso possível entre as Instituições dado que o Programa Legislativo condiciona as agendas de todos. No Acordo-Quadro entre o Parlamento e a Comissão (anexo ao Regimento do PE) estabelece-se que a "Comissão tomará em consideração as prioridades expressas pelo Parlamento”. Esta programação plurianual está prevista no art. 118.º-A do Regimento do Parlamento Europeu, que dispõe sobre a "troca de pontos de vista” e a aprovação de "conclusões conjuntas” pelo triângulo institucional: Parlamento, Conselho e Comissão.
O Programa plurianual projeta-se em Programas anuais mais detalhados que são preparados em intenso debate interinstitucional. A participação do Parlamento Europeu no debate sobre a programação legislativa anual da União está prevista no art. 37.º do seu Regimento. Na prática, destacam-se os seguintes momentos:
1. Em fevereiro, o Presidente da Comissão e/ou o Vice-Presidente responsável pelas relações interinstitucionais apresentarão à Conferência dos Presidentes a decisão relativa à Estratégia Política Anual para o ano seguinte.
2. No período de sessões de fevereiro-março, as Instituições interessadas participarão num debate sobre os aspetos gerais das prioridades políticas, com base na decisão sobre a Estratégia Política Anual para o ano seguinte.
3. Após o referido debate, as comissões competentes e os Comissários competentes iniciarão um diálogo bilateral regular que se manterá ao longo do ano, a fim de apreciar a evolução da aplicação do atual Programa Legislativo e de Trabalho da Comissão e debater a preparação do futuro programa em cada um dos seus âmbitos de competência específicos.
4. Em setembro, a Conferência dos Presidentes das Comissões apresentará um relatório sucinto à Conferência dos Presidentes, a qual informará desse facto a Comissão.
5. No período de sessões de novembro, o Presidente da Comissão apresentará perante o Parlamento, com a participação do Colégio, o Programa Legislativo e de Trabalho da Comissão para o ano seguinte. Esta apresentação compreenderá uma apreciação da execução do programa em curso. Seguir-se-á a este debate a aprovação de uma resolução do Parlamento no período de sessões de dezembro.
O Programa Legislativo e de Trabalho da Comissão será acompanhado de uma lista das propostas legislativas e não legislativas para o ano seguinte. Este programa de trabalho da Comissão engloba, além das novas iniciativas a apresentar, a intenção de retirada de propostas pendentes e de revisão de atos legislativos da UE em vigor.
A título de exemplo, podemos verificar que o Programa de Trabalho da Comissão para 2017 ("Realizar uma Europa que protege, capacita e defende”), o documento principal elenca as diligências genéricas que a Comissão Europeia pretende assegurar para o cumprimento das prioridades assumidas nas suas "Orientações Políticas”, isto é, no seu programa plurianual, apresentado no início do mandato. Acompanham este documento as propostas de novas iniciativas legislativas, de iniciativas REFIT, das propostas prioritárias pendentes que se pretende aprovar, das propostas retiradas e da legislação revogada.
O Tratado de Lisboa no seu Protocolo n.º 1 determina que a Comissão envia "aos Parlamentos nacionais, ao mesmo tempo que ao Parlamento Europeu e ao Conselho o Programa Legislativo anual e qualquer outro instrumento de Programação legislativa ou de estratégia política”.
Quer o programa de trabalho plurianual (em que são assumidas as prioridades políticas para o mandato) quer o programa de trabalho anual (em que são descritas as iniciativas propostas para cumprir as prioridades), são importantes instrumentos de controlo democrático do trabalho da Comissão Europeia. Além de serem diretrizes que tornam previsível a apresentação de iniciativas legislativas e facilitarem, por essa via, a preparação das instituições para esse trabalho, são compromissos políticos que permitem uma avaliação mais avalizada do cumprimento das "promessas” feitas pelo executivo comunitário. Existe ainda um scoreboard sobre o cumprimento dos objetivos do programa REFIT, que é apresentado em paralelo com o programa anual de trabalhos da Comissão.
A Comissão Juncker, ao abraçar de forma vigorosa o princípio "Less Regulation”, reduziu significativamente o número de iniciativas legislativas propostas ao Parlamento Europeu e ao Conselho. A diminuição do fluxo legislativo teve como consequência a redução da importância política deste instrumento de controlo da Comissão Europeia.