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O Programa Marco Polo foi um programa de concessão de apoio financeiro comunitário para melhorar o desempenho ambiental do sistema de transporte de mercadorias. Uma vez que o transporte rodoviário de mercadorias está completamente dependente de energias que contribuem para a produção de CO2, é necessário um maior recurso à intermodalidade a fim de contribuir para uma melhor utilização dos recursos e infraestruturas existentes, graças à integração do transporte marítimo de curta distância, do transporte fluvial e do transporte ferroviário.
O programa visava reduzir o congestionamento da rede de transportes rodoviários e melhorar o desempenho ambiental do sistema de transporte de mercadorias na Comunidade e reforçar a intermodalidade, contribuindo assim para um sistema de transportes eficiente e sustentável. Para alcançar este objetivo, o programa apoiou ações nos sectores do transporte de mercadorias, da logística e noutros mercados a tomar em consideração.
O programa inicial (Marco Polo I), criado em 2003 para o período 2003-2010 e encurtado para 2003-2006, previa três tipos de ações:
a. as ações de transferência modal, que visam a transferência de um máximo de carga possível do modo rodoviário para o transporte marítimo de curta distância, o transporte ferroviário e a navegação interior nas atuais condições de mercado;
b. as ações catalisadoras, que devem mudar a maneira como o transporte não rodoviário é efetuado na Comunidade;
c. e as ações de aprendizagem comum, que devem reforçar o conhecimento no sector da logística do transporte de mercadorias e promover métodos de cooperação avançados no mercado do transporte de mercadorias.
As ações financiadas pelo programa Marco Polo deviam cobrir o território de pelo menos dois Estados-Membros ou de um Estado-Membro e um Estado terceiro próximo. Estava igualmente aberto à participação dos países candidatos à adesão. Regra geral, os projetos deviam ser apresentados por um consórcio de duas ou mais empresas.
O Programa Marco Polo, inicialmente previsto para o período de 1 de janeiro de 2003 a 31 de dezembro de 2010, foi entretanto revogado pelo Programa Marco Polo II, em 2006.
Face ao aumento crescente do transporte de mercadorias, o Programa Marco Polo II retomou os objetivos do primeiro programa, integrando novas disposições. Propôs novas ações elegíveis como é o caso das autoestradas do mar, que compreendem ações inovadoras que transfiram diretamente o transporte de mercadorias do modo rodoviário para o transporte marítimo de curta distância ou uma combinação do transporte marítimo de curta distância com outros modos de transporte na qual os percursos rodoviários sejam o mais curto possível; e o caso das ações para evitar o tráfego, isto é, qualquer ação inovadora que integre o transporte na logística da produção a fim de evitar uma grande percentagem de transporte rodoviário de mercadorias, sem afetar negativamente os resultados da produção ou a correspondente mão-de-obra.
O Programa Marco Polo II, previsto para o período de 1 de janeiro de 2007 a 31 de dezembro de 2010 e depois alargado até 31 de dezembro de 2013, consistiu na versão alargada do primeiro programa Marco Polo. A Comissão tinha recebido demasiadas propostas para os meios que possuía. Assim, ao orçamento previsto pelo Programa inicial de 100 milhões de euros, substituiu-se um orçamento mais importante no valor de 400 milhões de euros previsto no Programa Marco Polo II e que visava um âmbito de aplicação mais vasto. Um relatório apresentado pela Comissão Europeia numa Comunicação ao Parlamento Europeu, ao Comité Económico e Social e ao Comité das Regiões (COM(2013)0278) demonstrou que o Marco Polo I gerou cerca de 434 milhões de euros em benefícios ambientais, com um investimento de 103 milhões de euros.
Atualmente, ainda há vários projetos apoiados pelo programa Marco Polo II, entre os quais se contam intervenções em três ligações ferroviárias entre Portugal e Espanha, que se enquadram num último conjunto de projetos apoiados pelo programa. Para o período de programação 2014-2020 e para o respetivo Quadro Financeiro Plurianual, os objetivos do programa estão integrados no Mecanismo Interligar a Europa.