Para cada programa operacional, o Estado-Membro designa uma autoridade de gestão que é responsável pela boa gestão e execução do respetivo programa de acordo com os princípios da boa gestão financeira.
Esta autoridade deve assegurar o cumprimento dos critérios de seleção do programa operacional e que os produtos e serviços cofinanciados sejam fornecidos em conformidade com as regras nacionais e da UE.
Estas funções podem ser desempenhadas por um ministério nacional, uma autoridade regional, local ou qualquer outro organismo público ou privado, nomeado e aprovado para o efeito por um Estado-Membro.
A autoridade de gestão deve apresentar à Comissão Europeia um relatório anual de execução de cada programa operacional em 30 de junho de cada ano, bem como um relatório final até 31 de março de 2017.