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A cooperação transnacional incentiva a criação de parcerias que promovam o desenvolvimento territorial integrado e transcendam as fronteiras nacionais. Visa promover uma melhor cooperação e desenvolvimento regional na UE através de uma abordagem conjunta para abordar questões comuns.
Estas parcerias podem abranger e representar diferentes níveis de governação e administração, que incluam simultaneamente entidades públicas e privadas, e operar em diferentes domínios de intervenção, como por exemplo, prevenção das inundações, a política marítima, os corredores de transportes intermodais, as redes urbanas e rurais ou a interligação dos sistemas de inovação transnacionais.
A UE apoia esta cooperação através da "Vertente B – Cooperação Transnacional”, da iniciativa INTERREG.