Os desastres ambientais causados pelo derramamento de crude pelos petroleiros Erika, em dezembro de 1999, no golfo de Biscaia, Norte de Espanha, e pelo naufrágio do Prestige, em 2002, ao largo da Galiza, mereceram por parte da UE uma profunda reflexão sobre o tema da segurança marítima na Europa.
Para tentar contornar e evitar este tipo de ocorrências, a UE criou a Agência Europeia de Segurança Marítima, instituída pelo Regulamento (CE) n.º 1406/2002 do Parlamento Europeu e do Conselho, de 27 de junho de 2002.
Sediada em Lisboa, a AESM tem como principal objetivo assistir a Comissão Europeia e os Estados-Membros em matéria de segurança marítima, de proteção do transporte marítimo e de prevenção da poluição causada pelos navios.
Desde que entrou em funcionamento, a AESM tem contribuído para a avaliação das sociedades de classificação reconhecidas pela Comissão Europeia e dos centros de formação marítima em países terceiros, assim como para a verificação do respeito do controlo pelos poderes públicos nos portos. Contribui também para a melhoria da troca de informações entre os Estados-Membros, tendo criado mais recentemente aSafeSeaNet, um sistema de acompanhamento dos navios que transportam cargas perigosas assim como um dispositivo que permite harmonizar os inquéritos depois dos acidentes.
Em 2004, foi-lhe confiada uma tarefa suplementar, a de prestar assistência aos Estados-Membros em caso de poluição grave. Para o efeito, a agência afretou navios antipoluição que podem intervir, em toda a Europa, se solicitados por Estados-Membros ameaçados por um surto de poluição. Em abril de 2007, a agência criou outro dispositivo, denominado CleanSea-Net, que, graças a imagens por satélite, permite prevenir rapidamente um Estado-Membro cuja costa se encontre ameaçada por descargas poluentes ilegais ou acidentais.