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Para assegurar uma certa flexibilidade no sistema de repartição das competências, foi prevista uma cláusula (artigo 352.º TFUE) que permite a ação da União para além dos poderes de ação especificamente atribuídos pelos Tratados.
Assim, se se considerar necessária uma ação da União para cumprir um dos objetivos estabelecidos pelos Tratados, sem que estes tenham previsto os poderes de ação para o efeito, o Conselho adotará as medidas adequadas.
Essa ação tem de ser proposta pela Comissão e aprovada pelo Parlamento Europeu, bem como (por unanimidade) no seio do Conselho.
Esta disposição retoma o conteúdo do artigo 308.º do Tratado que institui a Comunidade Europeia. O seu âmbito de aplicação já não diz, porém, unicamente respeito ao funcionamento do mercado interno, tendo sido alargado às políticas definidas pelos Tratados.
No âmbito deste procedimento, a Comissão deve alertar os parlamentos nacionais dos Estados-Membros para as propostas baseadas na utilização da cláusula de flexibilidade, para que possam controlar o respeito da aplicação do princípio da subsidiariedade (cartão amarelo ou vermelho).
Estão excluídas deste mecanismo as ações relacionadas com a política externa e de segurança comum. Os atos adotados com base na cláusula de flexibilidade não podem implicar a harmonização das disposições dos Estados-Membros, no caso em que os Tratados a excluam.