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Cumpre à Comissão Europeia, no âmbito do processo comunitário de decisão, participar na formação dos atos do Conselho e do Parlamento Europeu (que em conjunto constituem o legislador da União), através do seu "poder de iniciativa” (artigos 17º n.º 2 do Tratado da União Europeia e artigo 289º do Tratado sobre o Funcionamento da UE). Este é um poder-dever, já que, como guardiã dos Tratados, à Comissão cabe velar pela respetiva aplicação. E a instituição tem o exclusivo da iniciativa no que respeita aos atos legislativos, excetuando-se os casos previstos nos Tratados (artigo 289º n.º 4 TFUE: "Nos casos específicos previstos pelos Tratados, os atos legislativos podem ser adotados por iniciativa de um grupo de Estados-membros ou do Parlamento Europeu, por recomendação do BCE ou a pedido do Tribunal de Justiça ou do BEI”).
Os atos não legislativos são adotados sob proposta da Comissão apenas nos casos que o Tratado indica expressamente (conforme o já citado artigo 17º no 2 do TUE).
Assim, por defeito, a Comissão tem o exclusivo da iniciativa no processo legislativo propriamente dito, as outras instituições nos atos não legislativos. Especial é a situação relativa à Política Externa e de Segurança Comum, em que o Conselho pode deliberar por iniciativa própria, do Alto Representante para os Negócios Estrangeiros ou de qualquer Estado-Membro na Política Externa e de Segurança Comum (artigo 30º TUE). Em todo o caso, e apesar das exceções, continua a definir-se este direito (poder) da Comissão como um direito exclusivo.
A questão da exclusividade da iniciativa por parte da Comissão Europeia foi muito discutida aquando da Convenção Europeia de 2002/3: alguns "convencionais” defenderam a atribuição da iniciativa legislativa a instituições como o Parlamento Europeu, para reforçar a legitimidade democrática da União. Na mesma ocasião, o comissário europeu Michel Barnier salientou o pequeno número de casos em que as propostas, vistas numa perspetiva não formal (material), resultam de uma efetiva iniciativa da Comissão – não mais de 10%, segundo disse –, decorrendo as restantes de pedidos do Conselho, do Parlamento Europeu ou até dos próprios Estados-membros (a que a Comissão dá sequência).
A exclusividade da iniciativa da Comissão Europeia, no âmbito do processo de decisão europeia, constitui sem dúvida uma das grandes originalidades do processo de construção europeia. Nela assenta, de algum modo, um dos principais elementos que formatam o funcionamento da União e asseguram a sua independência face aos interesses específicos (e naturalmente, em muitos casos conflituantes) dos Estados-membros.