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Um dos mais mediáticos debates e confrontos no Parlamento Europeu da legislatura europeia 2004-09 ocorreu a propósito das patentes de software. A Comissão Europeia tinha apresentado uma iniciativa que, na opinião de muitos, comportava o risco real de permitir a patenteabilidade de software.
O Parlamento, em primeira leitura, aprovou diversas alterações de acordo com a seguinte filosofia:
a) Concordar com a necessidade de uma harmonização no espaço do mercado interno de forma a obviar à existência de diferentes interpretações que causam incerteza jurídica e decisões diferentes de Estado-Membro para Estado-Membro;
b) Não aceitar que o software, por si só, seja patenteável. A criação intelectual está protegida pelos direitos de autor contra a pirataria (copyright) e pode ser prejudicada por um sistema pesado como o das patentes;
c) Aceitar que há inovações que contêm uma componente de software que delas faz parte integrante e que soluções de software nestas condições devem poder ser patenteáveis.
A Posição Comum do Conselho ignorou as alterações introduzidas pelo Parlamento, recuperando, no essencial, a proposta inicial da Comissão Europeia.
A Posição Comum não agradou nem a gregos nem a troianos, o que levou à sua rejeição por esmagadora maioria. É muito difícil ao Parlamento rejeitar uma Posição Comum ou aprovar alterações em segunda leitura, porque são necessários os votos de mais de 50% dos deputados em exercício de funções (367 votos).
Neste processo legislativo, 648 votaram a favor da rejeição da Posição Comum e apenas 14 contra, numa votação que decorreu em 6 de julho de 2005.
Foi assim batido um recorde parlamentar: o da Posição Comum mais rejeitada (com mais votos) de toda a História da União.