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O artigo 291.º do TFUE dispõe que «os Estados-Membros tomam todas as medidas de direito interno necessárias à execução dos atos juridicamente vinculativos da União» (n.º 1).
Prevê também que para determinados atos sejam necessárias condições uniformes de execução. Para estes casos, os próprios atos de base, e portanto os legisladores, devem conferir competências de execução à Comissão (ou ao Conselho, em casos específicos devidamente justificados e nos casos expressamente previstos nos artigos 24º e 26º TUE relativos à política externa e de segurança comum). Assim, em regra, a Comissão é a instituição a quem são atribuídas as competências de execução dos atos legislativos, enquanto o Conselho só as adquire em situações excecionais. Compreende-se esta opção dos tratados, uma vez que a Comissão prossegue o interesse geral, utilizando o método comunitário, ao passo que o Conselho prossegue o interesse dos Estados, utilizando o método intergovernamental.
A atribuição de competências de execução à Comissão tem obrigatoriamente de respeitar os mecanismos de controlo pelos Estados-Membros. De resto, o próprio TFUE assim o determina no seu artigo 291º, n.º3, referindo-se à determinação, pelo Parlamento e o Conselho (codecisão), por via de regulamento, das "regras e princípios gerais” sobre este controlo.
A Comissão apresentou, em março de 2010, uma Proposta de Regulamento do Parlamento Europeu e do Conselho, que estabelece as regras e os princípios gerais relativos aos mecanismos de controlo pelos Estados-Membros do exercício das competências de execução pela Comissão. A proposta contém nos seus elementos semelhanças mas também importantes inovações em relação à «Decisão Comitologia». O Regulamento (UE) n.° 182/2011 (conhecido como "Regulamento Comitologia”), que resultou desse debate, prevê dois instrumentos inovadores em substituição dos mecanismos de comité: o procedimento consultivo e o procedimento de exame. Nestes procedimentos está inscrito o direito de controlo do Parlamento Europeu e do Conselho, bem como o procedimento de recurso, em caso de conflito.
O procedimento de exame aplica-se a dois tipos de medidas: medidas de alcance geral e medidas de impacto significativo (matérias de fiscalidade, agricultura ou pescas, por exemplo). Aqui, um comité composto por representantes de todos os Estados-Membros dá parecer favorável ou desfavorável à adoção de determinada proposta, deliberando por maioria qualificada (16 dos 28 Estados, que representem 65% da população). Na falta de parecer, por não se ter verificado uma maioria qualificada para aprovar ou reprovar, a Comissão pode optar por avançar com a proposta ou submeter uma nova versão, de acordo com aquilo que for expresso pelo comité.
O procedimento consultivo aplica-se a todas as demais medidas de execução. Aqui, o comité delibera por maioria simples e a Comissão deve "ter na máxima consideração” o parecer que é emitido. A adoção do ato de execução não depende, portanto, deste parecer que serve apenas um propósito de consulta.
No caso de uma decisão desfavorável, a Comissão pode recorrer para um comité de recurso que, não sendo um órgão permanente mas sim um instrumento processual, delibera definitivamente sobre a questão: se decidir pela reprovação do ato, a Comissão deve acatar a decisão.
No que respeita ao papel do Parlamento Europeu e do Conselho, importa referir que estes dispõem de um direito de informação e controlo. No que ao direito de informação diz respeito, todas as propostas apresentadas e debatidas nos comités são comunicadas ao Parlamento e ao Conselho. No que se refere ao direito de controlo, se a medida se referir a um ato jurídico aprovado em codecisão, o PE e o Conselho podem alertar a comissão para qualquer excesso de competências, caso em que a Comissão deve, obrigatoriamente, rever a medida. Enquanto o direito de informação é uma obrigação da Comissão, o direito de controlo é exercido diretamente pelo Parlamento e pelo Conselho. Por exemplo, no caso de o Parlamento considerar que determinado projeto de ato de execução excede os poderes previstos no ato de base, a Comissão é obrigada a pronunciar-se, de acordo com as posições expressas pelo Parlamento.