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O Ato Único Europeu (1986) instituiu o procedimento de cooperação, com vista a atribuir ao Parlamento Europeu maior capacidade de influenciar o procedimento legislativo. O Tratado de Maastricht confirmou essa tendência, ao aumentar os domínios em que a cooperação se aplicava. Mais tarde, na revisão do Tratado de Amesterdão, optou-se por generalizar a codecisão em vez da cooperação (por exemplo, na União Económica e Monetária – UEM).
No entanto, o Tratado de Lisboa visou o reforço do processo de codecisão (processo legislativo ordinário) e a simplificação dos diferentes procedimentos decisórios (processo legislativo especial). Nesse contexto, o Tratado de Lisboa revogou o procedimento de cooperação e distribuiu os raros casos pela codecisão ou pelo procedimento de consulta. Se o procedimento de cooperação constituiu, na altura, uma evolução positiva face à simples emissão de parecer ele hoje representava, para o Parlamento Europeu, um mecanismo com menos poderes do que o procedimento de codecisão.
Este procedimento iniciava-se com uma proposta da Comissão Europeia, transmitida ao Conselho e ao Parlamento Europeu:
• No quadro de uma primeira leitura, o Parlamento Europeu emitia um Parecer sobre a proposta da Comissão Europeia;
• Por sua vez, o Conselho de Ministros adotava, por maioria qualificada, uma posição comum, que era transmitida ao Parlamento Europeu para exame em segunda leitura;
• No prazo de três meses, o PE podia aprovar, alterar ou rejeitar essa posição comum, sendo que nas duas últimas hipóteses a decisão só podia ser tomada por maioria absoluta dos seus membros. No caso de rejeição, o Conselho só podia deliberar em segunda leitura por unanimidade;
• Depois destas duas leituras, a Comissão Europeia voltava a examinar, no prazo de um mês, a sua proposta tal como emendada, transmitindo-a ao Conselho. Nesta fase, a Comissão Europeia mantinha o poder para integrar ou rejeitar as alterações propostas pelo Parlamento Europeu;
• No prazo de três meses, o Conselho de Ministros podia aprovar a proposta reexaminada por maioria qualificada, alterar a proposta reexaminada por unanimidade, ou aprovar as alterações que não fossem consideradas pela Comissão Europeia, também por unanimidade (o Conselho de Ministros podia em qualquer circunstância exercer o seu direito de veto, recusando pronunciar-se sobre as propostas de alteração do Parlamento Europeu ou sobre a proposta alterada da Comissão, bloqueando, deste modo, o procedimento legislativo).