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O Tratado de Lisboa retirou da expressão "A União dispõe de um quadro institucional único”, incluída no Tratado desde a revisão de Maastricht, a palavra "único”. Isso contudo não parece ter um significado substancial, ou pelo menos um que possa pôr em causa o significado fundamental da expressão: quadro institucional único refere-se ao conjunto de instituições habilitadas a desempenhar de modo exclusivo o conjunto de funções que os Tratados determinam tendo em vista o bom funcionamento da União. O espírito da norma, neste caso, não é afetado pela mudança do significante.
Mas a questão terminológica não se esgota aí: há também uma querela doutrinária em torno da melhor designação para estas entidades: deverão chamar-se instituições, como determinam os Tratados, ou órgãos, como defende parte da doutrina (ver por todos Fausto Quadros, Direito da União Europeia, Almedina, págs. 217 a 219), para quem essa seria a designação mais correta de acordo com a tradição jurídica portuguesa.
As principais instituições europeias (tal como está estabelecido nos Tratados) são o Parlamento Europeu, o Conselho Europeu e o Conselho da União Europeia, a Comissão, o Tribunal de Justiça da UE, o Banco Central Europeu e o Tribunal de Contas (título III do TUE e Parte VI, Título I, Capítulo 1 do TFUE). Refere o capítulo 3 do mesmo título e parte, como órgãos consultivos (já não instituições), o Comité Económico e Social e o Comité das Regiões e no capítulo 4 o Banco Europeu de Investimento.
Basicamente, a expressão consagrada "Quadro Institucional Único” significa que existe um único sistema orgânico: nele, em conjunto, as principais instituições assumem por inteiro a realização dos objetivos a que a Comunidade se propõe. Fazem-no de acordo com regras comuns, com base numa repartição de competências relevante em todos os domínios de atribuição da Comunidade.
A competência das diferentes instituições não é contudo a mesma quando elas atuam como órgãos da União Europeia, por exemplo na Política Externa e de Segurança Comum (PESC, o antigo segundo pilar). Nesse caso, diminui a unicidade do Quadro Institucional, torna-se menos clara a repartição de competências. Mesmo aí, contudo, a tendência tem sido para a extensão da intervenção das diferentes instituições no sentido do "Quadro Institucional Único”. Por exemplo, da total ausência de controlo jurisdicional ou de participação do Parlamento Europeu, na formulação inicial de Maastricht, à evolução em Amesterdão, Nice e sobretudo Lisboa, ainda que de forma tímida, aquelas instituições são agora chamadas a intervir na PESC.
O conceito estava aliás bem determinado no articulado criado em Maastricht, no artigo C, depois artigo 3º do Tratado da União Europeia: "A União dispõe de um quadro institucional único, que assegura a coerência e a continuidade das ações empreendidas para atingir os seus objetivos (…)”. O artigo 13º do TUE em vigor não retoma aquela formulação, como acima refiro, mas do facto não parecem decorrer ilações especiais a respeito das instituições e respetiva coerência.