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O princípio do reconhecimento mútuo nasceu das limitações do processo de harmonização.
Com efeito, o alinhamento sistemático de todas as legislações nacionais dos Estados-Membros da UE implicaria uma tarefa ciclópica, além de não ser desejada pelos Estados-Membros.
Numa perspetiva de Mercado Interno e de liberdade de circulação de pessoas, capitais, mercadorias e serviços, a UE preferiu antes instaurar em certas áreas um princípio de reconhecimento mútuo.
No Livro Branco sobre o Mercado Interno (1985) contornou-se a complexidade do método de harmonização. O reconhecimento mútuo das regulamentações nacionais passa a ser a regra geral, de forma que a harmonização comunitária só se justifica se estas regulamentações não puderem ser consideradas como equivalentes.
O Tribunal de Justiça da União Europeia reconheceu esta nova abordagem e substituía assim o princípio da harmonização pelo do reconhecimento mútuo, o que permitiu mais facilmente realizar o objetivo de realização do mercado interno em 1992.
Com os progressos da integração europeia, o princípio de reconhecimento mútuo aplicou-se num leque mais variado de áreas, nomeadamente na educação, no âmbito do reconhecimento dos diplomas e das qualificações profissionais e até no reconhecimento mútuo de decisões judiciais.