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O surgimento, cada vez mais frequente, de questões transversais impede que seja apenas uma comissão parlamentar a debruçar-se sobre um tema ou uma iniciativa legislativa. O Parlamento viu-se assim obrigado a regular (e de certa forma até a estimular) a cooperação entre as comissões parlamentares sobretudo através de dois procedimentos distintos:
1. Procedimento de comissões associadas – Se ocorrer um conflito de competências entre duas ou mais comissões parlamentares permanentes relativamente a uma matéria legislativa ou a um procedimento não legislativo, ou uma comissão parlamentar declarar que não é da sua competência examinar uma determinada questão, intervém a Conferência dos Presidentes das Comissões Parlamentares. Se a Conferência dos Presidentes decidir que um assunto (ou diferentes partes do mesmo) se enquadra, quase em igual medida, na esfera de competências de duas ou mais comissões, essas comissões colaborarão entre si nos seguintes moldes: o calendário dos trabalhos pertinentes é acordado em conjunto pelas comissões em causa. Os relatores e relatores de pareceres manter-se-ão mutuamente informados e procurarão chegar a acordo sobre os textos a propor às suas comissões e sobre a posição a adotar relativamente às alterações. Neste contexto, tenta-se igualmente, em conjunto com os presidentes das comissões, chegar a um acordo sobre as partes do texto que se inscrevem na esfera de competências exclusiva ou conjunta. A comissão competente quanto à matéria de fundo aceita as propostas de alteração de uma comissão associada sem proceder a qualquer votação, se essas alterações se prenderem com assuntos que se inscrevam no âmbito da competência exclusiva da comissão associada. Se a comissão competente rejeitar alterações sobre questões que se insiram no âmbito da competência conjunta da comissão competente e de uma comissão associada, esta última poderá apresentar essas alterações diretamente no plenário.
2. Procedimento de reuniões conjuntas das comissões – Os eventuais conflitos quanto à competência das comissões são resolvidos pela Conferência dos Presidentes. Se, entre as comissões envolvidas, não for possível chegar a um acordo ou se a questão se inscrever, quase em igual medida, na esfera de competências de várias comissões, aplica-se um procedimento recentemente introduzido, que consiste no seguinte: se o tema se revestir de grande importância, a Conferência dos Presidentes poderá estipular a realização de reuniões e votações conjuntas com a participação de várias comissões. Nesse caso, os relatores em causa elaboram um único projeto de relatório, que é posteriormente submetido a votação, em reuniões conjuntas, pelas comissões envolvidas. Para a preparação das reuniões e votações conjuntas, é possível criar grupos de trabalho intercomissões.