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O Conselho da União Europeia (Conselho), instituição europeia criada em 1958 com o Tratado de Roma, tem a sua consagração expressa no artigo 16.º do Tratado da União Europeia. Nos termos dos tratados, o Conselho é o co-legislador da União, com o Parlamento Europeu, sendo composto por representantes dos governos nacionais dos 28 Estados-Membros da UE.
A presidência do Conselho é rotativa e semestral. Em cada semestre, o governo de um Estado-Membro assume a Presidência das várias formações do Conselho (Justiça e Assuntos Internos, Agricultura e Pescas ou Ambiente, por exemplo), com excepção da formação de Negócios Estrangeiros, cuja presidência é reservada ao Alto Representante da União para os Negócios Estrangeiros e a Política de Segurança. Estas presidências inserem-se em ciclos de 18 meses, em que três presidências coordenam entre si as "traves mestras” da sua acção política, constituindo a chamada "tróica”.
Portugal presidiu ao Conselho da União Europeia por três vezes, desde a sua adesão à então Comunidade Económica Europeia.
A primeira presidência portuguesa decorreu entre 1 de Janeiro e 30 de Junho de 1992, com o lema "Rumo à União Europeia”. O Primeiro-Ministro era Aníbal Cavaco Silva, o Ministro dos Negócios Estrangeiros era João de Deus Pinheiro e o Secretário de Estado dos Assuntos Europeus era Vítor Martins.
Portugal assumiu três objectivos fundamentais para o semestre em que presidiu à então designada "presidência do Conselho das Comunidades Europeias”: a consolidação da reforma de Maastricht, o reforço das relações com o resto do mundo e a perspectiva do alargamento.
Destacam-me momentos como a assinatura do Tratado de Maastricht, em 7 de Fevereiro de 1992; a assinatura do Acordo-Quadro de Cooperação entre a Comunidade Económica Europeia e a República Federativa do Brasil, em Brasília, a 29 de Junho; a Assinatura do Acordo para o Espaço Económico Europeu, no Porto, a 2 de Maio (entrou em vigor a 1 de Janeiro de 1994); a Conferência das Nações Unidas para o Meio Ambiente e o Desenvolvimento (CNUMAD), realizada no Rio de Janeiro, entre 3 e 14 de Junho; e ainda a conclusão da reforma de 1992 da Política Agrícola Comum (PAC), na reunião do Conselho de 21 de Maio de 1992, que substituiu o sistema de ajudas ao rendimento através de preços de garantia por um sistema de ajudas directas.
A segunda presidência portuguesa decorreu entre 1 de Janeiro e 30 de Junho de 2000, com o lema "A Europa no limiar do séc. XXI”. O Primeiro-Ministro era António Guterres, o Ministro dos Negócios Estrangeiros era Jaime Gama e o Secretário de Estado dos Assuntos Europeus era Francisco Seixas da Costa.
Portugal assumiu seis prioridades para o semestre em que presidiu ao Conselho: o alargamento; a reforma das instituições; o emprego, reforma económica e coesão social; a política externa e de segurança comum; o espaço de liberdade, segurança e justiça; a saúde pública e segurança alimentar. Destacam-se momentos como a adopção da "Estratégia de Lisboa”, no Conselho Europeu de Lisboa sobre "Emprego, Reformas Económicas e Coesão Social - para uma Europa da inovação e do conhecimento”; a realização da primeira cimeira UE-África; a organização da Conferência Intergovernamental que discutiu a reforma institucional da UE e que culminou com a assinatura do Tratado de Nice; a celebração do Acordo de Parceria ACP-UE, o Acordo de Parceria entre os estados de África, das Caraíbas e do Pacífico e a Comunidade Europeia e os seus Estados-Membros, em Cotonu, a 23 de Junho; e a presidência portuguesa da UEO, a União da Europa Ocidental.
A terceira presidência portuguesa decorreu entre 1 de Julho e 31 de Dezembro de 2007, com o lema "Uma União mais forte para um Mundo melhor”. O Primeiro-Ministro era José Sócrates, o Ministro dos Negócios Estrangeiros era Luís Amado e o Secretário de Estado dos Assuntos Europeus era Manuel Lobo Antunes.
Portugal assumiu três prioridades para o semestre em que presidiu ao Conselho: a reforma dos Tratados; uma agenda de modernização das economias e das sociedades europeias; e o reforço do papel da Europa no Mundo. Destacam-se momentos como a assinatura do Tratado de Lisboa, a 13 de Dezembro; a realização da segunda Cimeira UE-África, entre 8 e 9 de Dezembro; a organização da primeira cimeira UE-Brasil, realizada a 4 de Julho; a adesão de nove países ao Espaço Schengen; a instituição do Dia Europeu contra a Pena de Morte (10 de Outubro); a adopção de uma agenda para a migração; a aprovação do projecto GALILEO; e a criação de um grupo de trabalho e reflexão sobre o futuro da Europa.
Portugal volta a exercer a Presidência do Conselho da União Europeia no primeiro semestre de 2021, inserindo numa tróica em que é precedido pela Alemanha e sucedido pela Eslovénia, no período compreendido entre 1 de Julho de 2020 e 31 de Dezembro de 2021.