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O trabalho quotidiano da Comissão Europeia é realizado pelos seus administradores, assistentes, peritos, tradutores, intérpretes e pessoal de secretariado, num total de cerca de 33.000 funcionários europeus. Este número pode parecer muito elevado, mas na realidade é inferior ao número de funcionários de uma grande autarquia ou de um Ministério de dimensão média na Europa. Os funcionários da Comissão estão repartidos por departamentos, denominados Direções-Gerais (DG). Algumas DG específicas são igualmente denominadas por "Serviços” (tais como o Serviço do Secretariado-Geral ou o Serviço Jurídico).
Cada DG é responsável por uma área política específica, sendo chefiada por um diretor-geral, que responde perante o Comissário competente. No plano da sua estrutura, uma DG organiza-se de forma hierárquica. A entidade operacional de base de uma DG é a Unidade, gerida por um Chefe de Unidade. Diversas Unidades reagrupam-se no seio de uma Direção, chefiada por um Diretor. Todas as Direções estão, por sua vez, sob as ordens do próprio diretor-geral. Esta estrutura administrativa inspirou-se, na sua origem, na estrutura das administrações nacionais dos seis Estados-membros fundadores, embora tenha posteriormente adquirido características que lhe são próprias. No plano operacional, cada DG pode ser considerada como uma administração similar à dos Ministérios dos Estados-Membros.
A coordenação geral da Comissão e dos seus serviços é assegurada pelo Secretariado-Geral, que organiza igualmente as reuniões semanais do colégio dos Comissários. O Secretariado-Geral é chefiado pelo secretário-geral, que responde diretamente perante o Presidente da Comissão. A gestão da Comissão é largamente descentralizada, ao nível das DG e dos Serviços, que beneficiam assim de um grau elevado de autonomia.
Na prática, compete às DG executar as missões que lhes são atribuídas pelos Comissários europeus. Imagine-se, por exemplo, que a Comissão considera que é necessário adotar legislação da UE para lidar com uma questão concreta na área do ambiente. A Direção-Geral do Ambiente elabora uma proposta, com base em consultas prévias alargadas junto de representantes sectoriais e dos Estados-membros. O projeto é igualmente objeto de discussão noutros departamentos da Comissão. Quando a proposta está concluída, é então incluída na ordem de trabalhos da reunião seguinte da Comissão, para apreciação e eventual aprovação.
Embora a organização interna da Comissão esteja em constante evolução, pode afirmar-se que as DG se distribuem por quatro grandes áreas: Políticas (Agricultura, Ambiente, etc.), Relações Externas, Serviços Gerais (Eurostat, Comunicação, etc.) e Serviços Internos (Orçamento, Tradução, etc.). Atualmente existem cerca de quarenta DG ou serviços, que se encontram na sua grande maioria localizados em Bruxelas. Algumas DG importantes encontram-se também no Luxemburgo.
Apesar do número importante de funcionários que trabalham na Comissão, a sua estrutura administrativa, baseada na organização através de DG, permite que a Comissão se adapte com flexibilidade às tarefas múltiplas que é chamada a desempenhar: desde o tratamento de uma queixa individual de um cidadão, à preparação de um pacote legislativo, passando pela luta contra a fraude, o financiamento de projetos pelos Fundos Estruturais e, sobretudo, a impulsão constante que deve ser dada às políticas comuns.
Note-se que os serviços das outras Instituições da União (Parlamento Europeu, Conselho, etc.) estão organizados também, seguindo o modelo da Comissão, em Direções Gerais.