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Quando as Comunidades Europeias foram fundadas, em 1957, a sua natureza era fundamentalmente económica e o seu objetivo essencial a criação de um mercado único, sem fronteiras, em que capitais, serviços, mercadorias e trabalhadores pudessem circular livremente. Não existia então claramente a perceção de que a realização desses objetivos pudesse ter implicações importantes ao nível dos direitos humanos. Essa ideia foi sendo progressivamente abandonada, em particular à medida que se tornou necessário assegurar no terreno a mobilidade dos trabalhadores e das suas famílias. O Tratado de Roma omitia qualquer referência ao princípio da proteção dos direitos fundamentais, embora algumas das suas disposições – não-discriminação em razão da nacionalidade, igualdade de remuneração entre homens e mulheres, direito de acesso ao exercício de uma profissão – implicassem o reconhecimento de direitos dos cidadãos europeus.
No Preâmbulo do Ato Único Europeu (1986) surgiu, pela primeira vez, uma referência aos direitos fundamentais, de acordo com a qual os Estados-Membros se comprometem a «promover conjuntamente a democracia, com base nos direitos fundamentais reconhecidos nas Constituições e legislações dos Estados-Membros, na Convenção de proteção dos Direitos do Homem e das Liberdades Fundamentais e na Carta Social Europeia, nomeadamente, a liberdade, a igualdade e a justiça social».
A grande alteração acontece com o Tratado de Maastricht, no qual se consagra a proteção e a promoção dos direitos humanos simultaneamente como fundamento e objetivo de atuação, interna e externa, da União Europeia.
A questão de saber se a Comunidade Europeia poderia aderir formalmente à Convenção Europeia dos Direitos do Homem (CEDH) foi discutida nos tempos que antecederam a aprovação do TUE, mas o Tribunal decidiu, num acórdão de 28 de março de 1996, que à época a Comunidade não tinha competência para fazê-lo.
O Tratado de Amesterdão reforçou as disposições existentes sobre direitos humanos nos artigos 6.º e 7.º do Tratado da União Europeia, estabelecendo um conjunto de princípios em que a União se funda («liberdade, democracia, respeito dos direitos humanos e das liberdades fundamentais, e o Estado de Direito»); atribuindo ao Tribunal de Justiça competências para assegurar a observância destes princípios pelas instituições comunitárias; instituindo sanções para os casos de violação de um destes princípios por um Estado-Membro (suspensão de certos direitos do Estado-Membro em questão, incluindo o direito de voto). O Tratado de Amesterdão dispõe ainda que os países candidatos devem respeitar os princípios contidos no artigo 6.º do TUE.
O Tratado de Nice juntou a este esquema sancionatório do artigo 7.º do TUE um mecanismo preventivo da violação dos direitos fundamentais. A Comissão Europeia, o Parlamento Europeu e um terço dos Estados-Membros podem requerer que o Conselho determine a existência de um risco de violação de direitos fundamentais.
Após o parecer favorável do Parlamento Europeu e tendo ouvido o Estado-Membro em questão, o Conselho pode decidir, por uma maioria de quatro quintos dos seus membros, que há um risco claro de violação de direitos fundamentais.
O Conselho pode depois dirigir as recomendações apropriadas ao Estado-Membro em causa.
Precedendo esta evolução legislativa, o Tribunal de Justiça da União Europeia cedo se apoiou nas disposições da CEDH para proteger a violação de certos direitos pelos Estados e instituições comunitárias. Com efeito, desde 1974 que o Tribunal declarou que o respeito pelos direitos fundamentais fazia parte dos princípios que orientam a ação da União Europeia, apoiando-se também nas tradições constitucionais comuns a todos os Estados-Membros para proferir inúmeras decisões em que foi reconhecendo vários princípios fundamentais, como a dignidade humana e o princípio da não-discriminação. Alguns dos direitos reconhecidos pelo Tribunal incluem: liberdade de associação (Confédération syndicale, Massa, etc., 1974); liberdade de crença e de religião (Prais 1976); proteção da intimidade da vida privada (National Panasonic, 1980); segredo médico (Commission v. Germany, 1992); direito de propriedade privada (Hauer, 1979); liberdade de aceitar um emprego (Hauer, 1979); liberdade de comércio (Intern. Handelsgesellschaft, 1970); livre concorrência (France, 1985); respeito pela vida familiar (Commission v. Germany,1989); direito a uma proteção efetiva pelos tribunais e a um procedimento justo (Johnston v. Chief Constable of the Royal Ulster Constabulary, 1986; Pecastaing v. Belgium,1980); inviolabilidade do domicílio (Hoechst AG v. Commission, 1989); liberdade de opinião e de expressão (VBVB e VBBB, 1984). O princípio da dignidade foi e será sempre o núcleo gravitacional do sistema de direitos na prática política e judicial europeia.
O Tratado de Lisboa estende e reforça o sistema de proteção dos direitos fundamentais na União Europeia. Há uma extensão do sistema de proteção dos direitos fundamentais através do reconhecimento da Carta dos Direitos Fundamentais da União Europeia, como direito originário e com força vinculativa.
Todas as instituições comunitárias e todos os Estados-Membros são obrigados a respeitá-la, quando apliquem direito comunitário. Há um reforço do sistema de garantia uma vez que, no seu artigo 6° do TUE, o Tratado de Lisboa vem introduzir a via da adesão à Convenção Europeia dos Direitos do Homem, na qual todos os Estados-Membros já eram Parte Contratante.