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Os Tratados prevêm expressamente os casos em que a adoção de um Regulamento, de uma Diretiva ou de uma Decisão não se faz de acordo com o processo legislativo ordinário, mas sim por um processo legislativo especial. Essa norma está expressamente prevista no artigo 289.º n.º 2 do Tratado sobre o Funcionamento da União Europeia.
O procedimento legislativo especial é aplicável nomeadamente em matéria fiscal (artigo 113.° do TFUE) no que respeita à harmonização das legislações relativas aos impostos indiretos na medida em que seja necessária para assegurar o bom funcionamento do mercado interno e para evitar as distorções da concorrência; é também o procedimento utilizado em matéria orçamental, nomeadamente no que respeita a adoção do orçamento anual da União (artigo 314.° TFUE) e do quadro financeiro anual (artigo 312.° TFUE).