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Com as reformas institucionais sucessivas e o alargamento da UE, a maioria qualificada passou a ser a regra na tomada das decisões políticas mais importantes da União Europeia, em detrimento da votação por unanimidade. Com efeito, já o Tratado de Nice previa para um número considerável de áreas que as decisões fossem tomadas por maioria qualificada, ou seja, que requeressem um número de votos superior ao da maioria simples.
O Tratado de Lisboa reforçou ainda mais essa tendência ao associar a maioria qualificada ao processo legislativo ordinário (artigo 294° TFUE) (antigo processo de codecisão), prevendo explicitamente que "o Conselho delibera por maioria qualificada, salvo disposição em contrário dos Tratados” (artigo 16 §3 TUE). Acresce ainda que o Tratado de Lisboa alarga também a decisão por maioria qualificada a novas áreas políticas, designadamente sobre matérias como a luta contra as alterações climáticas, a segurança energética ou a ajuda humanitária de emergência a regiões em situação de crise em todo o mundo. Algumas das outras alterações afetam questões como as iniciativas dos cidadãos, a proteção diplomática e consular e as questões processuais.
A partir de 1 de novembro de 2014, as decisões do Conselho de Ministros passaram a ser apoiadas por 55% dos Estados-Membros (16 em 28), representando pelo menos 65% da população europeia (artigo 16° §4 do TUE). Nos casos em que o Conselho de Ministros não delibere sob propostas da Comissão Europeia ou do Alto Representante, a maioria qualificada passa a ser de pelo menos 72% dos seus Membros (21 de 28), devendo representar pelo menos 65% da população da UE («maioria qualificada reforçada”). No entanto, nos primeiros três anos, ou seja, até 31 de março de 2017, um Estado-Membro pode solicitar que um determinado ato seja adotado em conformidade com a maioria qualificada conforme as regras anteriores.
A exigência da chamada "maioria qualificada reforçada” prende-se com a valorização da ideia da Comissão como guardiã dos tratados e prossecutora do interesse geral da UE. Assim, uma proposta que não tenha origem na Comissão prosseguiria o interesse comum em menor grau, pelo que exigência para a sua aprovação terá de ser, necessariamente, maior.
A atribuição dos votos no Conselho a cada Estado-Membro merece a seguinte ponderação, quando aplicado o regime de Nice:
• Alemanha, França, Itália, Reino Unido: 29 votos cada
• Espanha, Polónia: 27 votos cada
• Roménia: 14 votos
• Países Baixos: 13 votos
• Bélgica, Grécia, Hungria, Portugal, República Checa: 12 votos cada
• Áustria, Bulgária, Suécia: 10 votos cada
• Croácia, Dinamarca, Eslováquia, Finlândia, Irlanda, Lituânia: 7 votos cada
• Chipre, Eslovénia, Estónia, Letónia, Luxemburgo: 4 votos cada
• Malta: 3 votos
Estes valores vigoram desde 1 de novembro de 2014 até 31 de março de 2017, data a partir da qual o sistema passou definitivamente ao da maioria qualificada considerada segundo o número de Estados-Membros e população.
Para que um texto seja adotado pelo Conselho de Ministros por maioria qualificada, caso seja aplicado ainda o regime de Nice, precisa de reunir pelo menos 260 votos favoráveis de um total de 352 (o que representa 73,86% do total). Acresce ser preciso também que uma maioria de países (nalguns casos, uma maioria de dois terços) vote a favor da proposta. Na prática, caso não seja constituída uma minoria de bloqueio, considera-se haver uma maioria qualificada.
Convém ainda referir que o Tratado de Lisboa contempla ainda o dispositivo da cláusula-ponte ("cláusula de passarela comunitária”), permitindo, para os atos que devam ser adotados por unanimidade, uma passagem ulterior para a maioria qualificada mediante uma decisão por unanimidade do Conselho Europeu. Tal mecanismo permite uma alteração das regras decisórias sem proceder a uma revisão dos Tratados (artigo 48° § 7 TUE) e confirma que a regra geral é mesmo a maioria qualificada, permitindo a redução das exceções à regra.
Acresce ainda que o Tratado de Lisboa reforçou a transparência do processo decisório ao tornar públicas as deliberações das reuniões do Conselho de Ministros.