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É o oposto do método comunitário. Baseia-se na cooperação entre agentes com idêntica dignidade e capacidade de decisão. A sua natureza implica a unanimidade para a formação da decisão. Alguns negam-lhe qualquer tipo de centralidade ou paradigma, considerando tratar-se de um processo em permanente erosão (quer para o lado do método comunitário, quer mesmo para uma pura e simples renacionalização), com o que não me parece possível concordar.
Por um lado, o método intergovernamental é aquele que vigora na diplomacia tradicional desde sempre: só com o acordo de (todos) os Estados pode uma determinada cooperação internacional instalar-se. Ora a União Europeia sempre terá uma dimensão intergovernamental, dada a sua especial natureza de objecto sui generis e a se, não reconduzível a clássicos modelos (com o que discorda naturalmente muita doutrina, não parecendo contudo confortá-la os factos). Por outro lado, a evolução recente da União Europeia – e nomeadamente a reforma institucional que chegou a termo com a entrada em vigor do Tratado de Lisboa – parece confirmar um recrudescimento da dimensão "nacional”, pela via do intergovernamentalismo, em particular no que concerne ao processo decisório: assim, por exemplo, a criação de instituições marcadamente intergovernamentais como o Presidente do Conselho Europeu ou mesmo o reforço da intervenção desta instituição, agora confirmada como tal.
Ainda assim, o Tratado de Lisboa alarga também de forma clara o elenco das decisões tomadas por maioria qualificada (em detrimento da unanimidade), o que contraria as opiniões mais radicais a respeito de uma definitiva deriva intergovernamental.
Na União Europeia, o método intergovernamental vigorou de forma plena nos segundo e terceiro pilares da União Europeia (na vigência da reforma de Maastricht e até à entrada em vigor do Tratado de Lisboa), ou seja, na Política Externa e de Segurança Comum (PESC) e na Justiça e Assuntos Internos. As mudanças institucionais das revisões seguintes – Amesterdão e Nice, mas sobretudo Lisboa – reduziram-no ao domínio da PESC, a qual se continua a reger quase exclusivamente pelo método intergovernamental.
A principal característica deste método consiste justamente em desestruturar os elementos em que se baseia o método comunitário, como por exemplo a unicidade do quadro institucional ou o monopólio da iniciativa por parte da Comissão Europeia. Vigora a unanimidade e as políticas adoptadas assentam em menores denominadores comuns, com uma lógica de prevalência dos interesses nacionais entendidos autonomamente. Estas características são facilmente identificáveis justamente no quadro dos preceitos da PESC.
O método intergovernamental sustenta a intergovernamentalidade, como o método comunitário estrutura a supranacionalidade.