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De acordo com o Tratado da UE (artigo 17.º do TUE), a Comissão Europeia é, no triângulo institucional da UE, a instituição europeia que encarna e defende o interesse geral da União. É a guardiã dos Tratados para garantir a aplicação do direito comunitário, bem como das decisões adotadas por força destes (direito derivado).
Com efeito, caso um Estado-Membro não esteja a cumprir as suas obrigações, a Comissão Europeia pode iniciar o procedimento de ação por incumprimento, através da intervenção do Tribunal de Justiça da UE.
Ao dispor do direito de iniciativa legislativa, a Comissão Europeia elabora e apresenta ao Conselho de Ministros e ao Parlamento Europeu todas as propostas legislativas necessárias para a aplicação dos tratados e é responsável pela execução das mesmas. A Comissão Europeia adota para esse efeito um programa anual de trabalhos. Como órgão executivo, é uma espécie de governo da UE, responsável pela gestão e execução: aplicar as políticas comunitárias, executar os programas e utilizar os fundos.
A Comissão Europeia é um órgão colegial e solidário, independente dos Estados-Membros, e apenas responde perante o Parlamento Europeu, que a pode derrubar mediante a aprovação de uma moção de censura (artigo 234.º do TFUE). A Comissão Europeia – composta atualmente por 28 comissários europeus (um por cada Estado-Membro), personalidades de reconhecido mérito – tem um mandato de cinco anos. Embora o Tratado de Lisboa tivesse previsto a redução do número de comissários (para um número correspondente a dois terços do número de Estados-Membros, a partir de novembro de 2014), foi acordado no Conselho por unanimidade (em cedência à Irlanda) que a Comissão manteria um comissário por Estado-Membro.
O Tratado de Lisboa criou o cargo de Alto-Representante da União para os Negócios Estrangeiros, que é simultaneamente um dos vice-presidentes da Comissão Europeia.
A constituição da Comissão Europeia inicia-se com a designação do seu presidente. Cabe ao Conselho Europeu submeter um candidato ao Parlamento Europeu, tendo em conta os resultados das eleições europeias. Depois de o presidente da Comissão Europeia ser aprovado pelo Parlamento, os governos nacionais designam as personalidades que tencionam nomear como comissários «em função da sua competência geral e do seu empenhamento europeu de entre personalidades que ofereçam todas as garantias de independência» de comum acordo com o presidente designado.
Procede-se em seguida à distribuição dos domínios de competência entre os membros indicados. Após um processo de audições públicas, o presidente, o alto-representante e os demais membros da Comissão são colegialmente sujeitos a um voto de aprovação do Parlamento Europeu.
O presidente da Comissão Europeia determina a organização interna da Comissão e pode alterar a distribuição das competências durante o mandato. Nomeia entre os membros da Comissão os vice-presidentes, com exceção do alto-representante da União para os Negócios Estrangeiros, que assume a vice-presidência por inerência. O presidente pode solicitar a um membro da Comissão que apresente a sua demissão.
A Comissão reúne uma vez por semana, normalmente às quartas-feiras, em Bruxelas. Contudo, durante as sessões plenárias do Parlamento Europeu, esta reunião realiza-se às terças-feiras, em Estrasburgo. Cada ponto da agenda é apresentado pelo comissário responsável pelo pelouro em causa e toda a equipa toma uma decisão coletiva sobre a matéria.
As reuniões da Comissão não são públicas e todos os debates são confidenciais. No entanto, as ordens de trabalho e as atas das reuniões anteriores encontram-se disponíveis.
O termo «Comissão Europeia» é usado em dois sentidos. O primeiro refere-se ao colégio de comissários europeus. O segundo diz respeito à instituição em si e aos seus cerca de 35.000 funcionários. Com efeito, a Comissão Europeia dispõe de um secretariado-geral cujo responsável responde diretamente perante o presidente da Comissão Europeia. O secretariado-geral compreende direções-gerais, chefiadas por um diretor-geral que responde perante o comissário competente. Há ainda serviços especializados (serviço jurídico, publicações, etc.). Toda a Comissão Europeia está repartida principalmente entre Bruxelas e o Luxemburgo, com representações nos Estados-Membros da UE e delegações nas outras principais capitais do mundo. Portugal teve quatro comissários europeus: Cardoso e Cunha (1986-89 e 1989-94), João de Deus Pinheiro (1994-95 e 1995-99), António Vitorino (1999-2004) e, atualmente, Carlos Moedas (2014-2019). Entre 2004 e 2014, Portugal teve um seu cidadão, José Manuel Durão Barroso, a presidir à Comissão.