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O papel especial que os Tratados (desde a fundação) atribuíram à Comissão Europeia, fez com que esta fosse a detentora do direito de iniciativa legislativa.
Ao contrário do que sucede na maior parte dos parlamentos no mundo inteiro, os Deputados europeus não podem apresentar iniciativas legislativas. Através dos Relatórios de Iniciativa, o Parlamento Europeu pode convidar a Comissão Europeia a apresentar uma iniciativa mas esta não está obrigado a fazê-lo e pode escusar-se justificando as suas razões. Esta é a base do equilíbrio interinstitucional: A Comissão pode propor mas não pode decidir. O Conselho (de Ministros) e o Parlamento podem decidir (e alterar) mas não podem propor.
O Tratado de Lisboa mantém o quase exclusivo da iniciativa legislativa para a Comissão com pouquíssimas excepções:
• Um quarto dos Estados-Membros podem ter iniciativa (para alem da Comissão) nas áreas referentes à cooperação judiciária em matéria penal e à cooperação policial (artºs 82º a 89º do TFUE);
• o Parlamento Europeu (para além da Comissão ou de qualquer Estado-Membro) pode tomar a iniciativa de rever os Tratados;
• o Parlamento Europeu tem o exclusivo da iniciativa no que se refere ao "processo uniforme” da sua eleição, à sua composição, ao estatuto dos seus membros e ao estatuto do Provedor de Justiça Europeu bem como ao regulamento aplicável ao poder de inquérito parlamentar;
• o Banco Central Europeu através de recomendação ou o Banco Europeu de Investimento e o Tribunal de Justiça da União Europeia através de pedidos podem ter iniciativas em matérias específicas relacionadas com as suas competências.